L'origen de la primitiva església parroquial de Santa Margarida és molt antic i consta en un cartulari conservat a l'Arxiu Diocesà de Solsona que l’any 1100, Ermessèn va fer donació d'un grup d'esglésies a Santa Maria de Solsona, entre les quals hi havia l'església de Santa Margarida de Navès. Aquesta donació va ser ratificada pels papes Eugeni III (1150), Alexandre III (1180) i Climent III (1188).
Església edificada juntament amb la rectoria damunt d'un cementiri preromànic i sobre unes sitges, que hom suposa ibèriques. Com molts altres temples de la zona, va ser profundament modificat entre els segles XVII i XIX, a causa de l' augment demogràfic que va patir la zona. Del temple romànic es conserven alguns fragments de murs, que es van aprofitar en la nova construcció barroca. A l'interior de la rectoria, al corredor de comunicació d'aquesta amb l'església, encara es poden veure alguns arcs i finestres romàniques tapiades.
L'actual església fou construïda al segle XVII, d'estil neoclàssic rural. Es tracta d’un edifici d’una sola nau coberta a dues vessants. La façana és senzilla, amb tan sols un petit rosetó al damunt de la porta. La porta romànica de mig punt, oberta al mur oest, va ser modificada per construir el nou accés, que comunica el temple amb la rectoria, de característiques plenament neoclàssiques, de pedra amb motllures per la banda de dins i llinda amb inscripció datada el 16-68. Resta rematada per un frontó poligonal que reposa en un entaulament. El parament és de pedres irregulars amb morter, excepte a les cantonades que són de pedra picada i escairats. Altres dates inscrites gravades als seus murs són 1666 i 1801, possiblement corresponents l’una a l’inici de les obres (2 anys abans que la data de la llinda de la porta que podria correspondre al final d’obra) i l’altra a una remodelació portada a terme a principis del segle XIX.
Va aprofitar part dels murs de ponent i sud de l' obra romànica. Aquests van ser integrats al nou temple i a l'edifici de la rectoria, adossat a l' oest del temple. El temple romànic estava format per una sola nau, rematada a l'est per un absis semicircular, que va ser enderrocat per construir la torre de campanar actual, un esvelt campanar de tres cossos, rematat per una barana de pedra. El parament del campanar és de pedres irregulars amb morter, excepte a les cantonades que són de pedra picada i escairats.
Al costat de l'actual porta d'accés veiem un arcosoli de factura gòtica i les restes del sepulcre que resguardava, així com una finestra amb elements aprofitats d’una obertura anterior. També al voltant del temple podem trobar dues piques reutilitzades com a parterres.
